中共当局给王炳章博士加上两大罪名,一是“间谍罪”,一是“组织恐怖活动罪”。这两个罪名都是站不住脚的。当局指控王炳章充当台湾间谍,但台湾方面明确否认。2013年12月10日,台湾国家安全局正式发文宣布:”经过调查,台国安局并无运用大陆人士王炳章及彭明先生从事情报工作。”当局指控王炳章组织恐怖活动,最重要的一次活动是密谋爆炸中国驻曼谷大使馆。对此,泰国方面也明确否认。2010年2月,泰国警方出具书面文件说明泰国警方没有找到任何证据证明王炳章曾经密谋爆炸中国驻曼谷大使馆。
请注意:根据报道,在2003年2月9日的秘密审判中,王炳章的两名辩护律师,文超和杨岷,为王炳章进行的不是轻罪辩护而是无罪辩护。律师认为,控方提供的证据中多项只是王炳章政治思想的表达,不能直接推论其有相关具体行为。关于为台湾从事间谍活动,及有关在泰国企图爆炸中国大使馆和在泰北建恐怖训练基地,律师均认为证据不充分。而有关运送枪枝企图在国庆庆典暗杀要人,律师指运送枪枝者较早前已被判罪,同样的罪名不应再用来控告王炳章。注意:这两名律师虽然是王炳章自己挑选的,但却是从当局提供的律师中挑选的。既然连当局方面提供的律师都敢于为王炳章作无罪辩护,可见王炳章被判无期徒刑在法理上是多么的站不住脚。